Dans un monde post-appocalyptique, suite à une troisième guerre mondiale qui a embrasée le monde, ce dernier se reconstruit. Grâce à des scientifique et à une technologie très avancée, les hommes ont à présent la capacité de créer des humains. Mais pas n'importe quels humains, des humains sans sentiment, pour éviter que ceux-ci puissent penser à se battre et engendrer une nouvelle guerre. Mais tout le monde ne partage pas cet enthousiasme vis-à-vis de ces être artificiels, et les actes terroristes contre les bioroïds ne cessent de s'enchainer. Olymlpus, la cité pacifique où se regroupent les humaines et les biroïdes, fait appel à une jeune femme du nom de Dunam, une combatante d'élite, pour lutter contre ces actes terroristes. Mais la vérité semble avoir plusieurs noms et visages... L'un de ces noms est l'"AppleSeed".
Alors que Conan était en train de trier les lettres d'admiratrices de son père, il s'aperçut que l'une de ces lettres lui était destinée. Cette lettre était en réalité une invitation pour une fête d'un célèbre architecte. Ne pouvant s'y rendre, Conan utilisant celle de Shinichi demandera à Ran d'y aller et celle-ci s'y rendra avec son père et Conan. Quelques jours après cette fête, Conan reçoit un appel d'un homme étrange masquant sa voix et menaçant de faire exploser plusieurs bombes. Avec le peu d'indices donnés, Conan devra retrouver toutes les bombes et démasquer le dangereux pyromane qui tentera de tuer les Détective Boys, mais aussi Ran!
Le dispositif d'alerte de la Soul Society est à son niveau maximum et toutes les équipes sont mobilisées. Le monde est tout simplement menacé de destruction par un mystérieux groupe qui se fait appeler les Dark One menés par un certain Ganryu.Ichigo et Rukia n'auront qu'un heure et pas une seconde de plus pour déjouer cette menace. Leur point de départ, Senna, une énigmatique shinigami assez peu bavarde qu'Ichigo avait rencontrée peu de temps avant...
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